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Der Bau des Schiffes begann im Sommer 2001 am Ufer des 3.850 m hoch gelegenen Titikakasees in Bolivien. In den Monaten August/September bauten die Aymara-Indianer unter der Leitung von Dominique Görlitz aus 10 Tonnen Totoraschilf ein 12 m langes und 4,4 m breites Schilfboot. Sie nutzten die gleiche Methode wie die ägyptisch-mesopotamischen Schilfbootbauer. Dabei verschnürten sie die vielen Schilfbündel zu einem massiven Doppelrumpfboot ähnlich einem modernen Katamaran. Der Bau wurde auf dem Hotelgelände von CRILLON TOURS in Huatajata vollzogen.

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Im Winter 2001/02 wurde der empfindliche Rumpf über die höchsten Berge Amerikas und über den Atlantischen Ozean um die halbe Welt von Arica über Hamburg nach Alexandria in Ägypten transportiert. Während des Aufenthaltes in Alexandria folgte die Projektgruppe der Einladung der UNESCO und des KON TIKI  Museums Oslo, mit der ABORA II an der Einweihungszeremonie der wieder errichteten Weltbibliothek teilzunehmen. Die Arbeiten am Schiff wurden auch mit Gymnasiasten des Albert Schweizer Gymnasiums Limbach-Oberfrohna durchgeführt. Dabei fertigten die jungen Bootsbauer alle Aufbauten nach althergebrachten Methoden an.

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Trotz vieler Schwierigkeiten, wie z.B. dem ägyptischen Zoll, konnte das Schilfboot am 18.04.2002 zu Wasser gelassen werden. Es wurde wieder nach der altkanarischen Gottheit „ABORA“ benannt, die dort auf Stufenpyramiden verehrt wurde, wie sie noch heute in Ägypten, auf Sardinien und den Kanaren mitten im Atlantik stehen. Die Feierlaune nach der Schiffstaufe hielt nicht lange an, denn in den gleichen Minuten verstarb Thor Heyerdahl. Der Tod des berühmten Seefahrtforschers, mit dem Dominique Görlitz in enger Verbindung stand, war ein großer Verlust. Jedoch forderte er auch die Verpflichtung, mit der ABORA II zu beweisen, dass bereits in der Vorzeit eine hochentwickelte Seefahrt existierte.

Am 17.05.2002 startete die ABORA II in Alexandria ihre abenteuerliche Reise. Sie sollte in dem großen Mittelmeer-Dreieck Ägypten-Libanon-Kleinasien segeln. Jedoch führten bürokratische Schwierigkeiten mit den ägyptischen Marinebehörden zu einer dreiwöchigen Verzögerung des Expeditionsstarts, so dass bereits bei Antritt der Seereise an eine Ausdehnung der Fahrt bis in die griechische Inselwelt nicht mehr zu denken war.

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Das Schilfboot wurde nach vordynastischen Darstellungen aus der Negade I-III Kultur aufgetakelt. Neuartig im Gegensatz zu Thor Heyerdahls Expeditionen war der Ansatz, an genau vorgegebenen Positionen Seitenschwerter an Bug und Heck anzubringen. Diese Schwerter erfüllen beim Segeln Doppelfunktion, denn sie reduzieren nicht nur die Seitabdrift, sondern verschieben auch den Lateraldruckpunkt (Drehpunkt des Bootes unter Wasser) vor den Segeldruckpunkt (Ort, wo die Windkräfte über Wasser ansetzen). Diese physikalischen Effekte haben die Wirkung, dass auch ein kielloses Schilffloß „ohne Motorkraft“ gegen den Wind segeln kann.

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Der Nachweis dieser Gegenwindsegelfähigkeit war das Hauptziel der ABORA II Mission, denn ohne die Fähigkeit wären regelmäßiger Handel und Kulturaustausch auf dem Mittelmeer undenkbar gewesen.

Zum ersten Mal in der Neuzeit segelte ein nach vorägyptischen Quellen erbautes Schilfboot auf einer festgelegten Route von Alexandria nach Zypern und wieder zum Ausgangsort zurück. Dieser empirische Nachweis hat sehr viel zum Verständnis der Mittelmeerseefahrt und dem prähistorischen Kulturaustausch beigetragen.

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Am frühen Nachmittag des 21. Juli 2002 segelte die ABORA II nach 65 Tagen wieder in den Osthafen der Stadt Alexandria ein. Insgesamt 1.164 Seemeilen lagen hinter der Crew, die über zwei Monate auf engsten Raum gelebt und miteinander gearbeitet haben. Angesichts der Hin- und Rückreise mit ständig wechselnden Wetterbedingungen ist es sehr wahrscheinlich, dass die Menschen bereits vor der Erfindung der Holzschifffahrt weite Reisen über das Mittelmeer unternommen und miteinander in einem engen Kulturaustausch gestanden haben. Die seit Jahrzehnten gehegte Kritik an Thor Heyerdahls RA II Expedition, man hätte mit einem ägyptischen Papyrusboot vom Ostmittelmeer aus niemals den Atlantik erreicht, muss nun revidiert werden, denn mit ausreichend Zeit hätte die ABORA II überall hin im Mittelmeer segeln können.

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Durch diese Expedition wird erneut die Frage aufgeworfen, warum steinzeitliche Seefahrer nicht auch durch die Straße von Gibraltar auf den Atlantik hätten navigieren sollen? Ist es wirklich so unwissenschaftlich, zu behaupten, dass die Eroberung des Atlantischen Ozeans nicht bereits in der Steinzeit begonnen hat? Die gesegelten Kurse bestätigten diese Projekthypothese. Bei günstigen Windstärken und mit der Strömung segelte die ABORA II sogar bis 68° gegen den Wind. Das Schilfboot konnte vor der Küste Afrikas wie ein neuzeitliches Fahrzeug richtig Aufkreuzen, eine maritime Fähigkeit, die die Mehrheit der Schifffahrtsexperten den Schilfbooten immer noch abspricht.

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Die Fahrt der ABORA II hat außerdem gezeigt, dass Segelsport, Wissenschaft und Teamarbeit eine hervorragende Symbiose eingehen können, um bisher ungelöste Fragen der Archäologie zu beantworten.